A inauguração da Rodovia Fernão Dias, em 1959, provocou a desativação da ferrovia, no início da década seguinte. Fator que, aliado à queda da agricultura do café inaugurou um período de estagnação local.
Distrito criado em 30 de novembro de 1929, no município de Bragança Paulista, Vargem foi elevado a município em 28 de dezembro de 1964. No entanto em 17 de abril de 1970, foi reconduzido à condição de distrito e anexado novamente a Bragança Paulista.
Sua autonomia político administrativa seria, finalmente, decretada em 30 de dezembro de 1991.